- Tháng 08/1980: Cảng Cần Thơ được thành lập trên cơ sở tiếp nhận một quân cảng thuộc Tiểu đoàn 8B Trung đoàn 659, Quân khu 9.
- Tháng 11/1992: Cảng Cần Thơ trở thành doanh nghiệp nhà nước trực thuộc Sở Giao thông vận tải tỉnh Cần Thơ (nay là thành phố Cần Thơ).
- Tháng 09/1993: Cảng Cần Thơ được chuyển về Cục Hàng hải Việt Nam quản lý.
- Năm 2002: Cảng Cái Cui được đầu tư xây dựng.
- Tháng 6/2006: Hoàn thành giai đoạn 1 Cảng Cái Cui và thành lập Công ty Cảng Cái Cui trực thuộc Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ.
- Tháng 10/2013: Công ty TNHH MTV Cảng Cần Thơ chính thức thành lập trên cơ sở sáp nhập hai đơn vị thành viên là Cảng Cần Thơ (cũ) và Cảng Cái Cui.
- Ngày 31/03/2015: Công ty chính thức hoạt động theo mô hình Công ty CP.